Nhật Bản

Nhận thức được tầm quan trọng của chiến dịch đánh chiếm Đông Ấn Hà Lan Bộ tổng tư lệnh Nhật Bản đã điều động lực lượng phối hợp hải, lực, không quân lớn nhất so với tất cả các chiến dịch khác ở Đông Nam Á.[8] Nếu như các chiến dịch đánh chiếm Mã Lai, Singapore, Miến Điện và Philippines đều giao cho tư lệnh tập đoàn quân cấp trung tướng hoặc đại tướng thì chiến dịch Đông Ấn Hà Lan do đích thân thống chế tư lệnh Đạo quân Phương Nam Hisaichi Terauchi trực tiếp nắm quyền chỉ huy với bộ tổng tư lệnh đặt tại Sài Gòn, Đông Dương.[9] Trong các mục tiêu của Đạo quân Phương Nam, đây cũng là chiến dịch mà vấn đề hậu cần cũng như chiến lược phức tạp nhất.[7]

Từ tháng 11 năm 1941, bộ tư lệnh Đạo quân Phương Nam đã soạn thảo xong kế hoạch đánh chiếm Đông Ấn Hà Lan. Theo đó, ba lực lượng sẽ đảm nhiệm một trận tuyến kéo dài 2.000 dặm từ đông sang tây và 1.000 dặm từ bác xuống nam: lực lượng phía đông từ thành phố Davao, Philippines sẽ chiếm đảo Celebes, đảo Ambon, quần đảo Moluccas và Timor; đạo quân phía tây đánh chiếm Palembang còn đạo quân trung tâm mục tiêu là các cơ sở dầu mỏ tại Tarakan và Balikpapan.[10]

Về lục quân, lực lượng tấn công ban đầu là Tập đoàn quân số 16 gồm Sư đoàn Bộ binh số 2 và hai Lữ đoàn Bộ binh số 35 và 46 (lấy từ Sư đoàn số 56) do tướng Imamura Hitoshi chỉ huy.[11] Giai đoạn sau của chiến dịch có thêm Sư đoàn số 38 và 48. Đệ nhị Hạm đội nhận nhiệm vụ yểm trợ hải quân cho chiến dịch.[12]

Đồng Minh

Trong tất cả các mục tiêu của Nhật Bản tại Đông Nam Á, Đông Ấn Hà Lan được đánh giá là yếu nhất, xét về tình hình chính trị và quân đội. Quân đội Đông Ấn Hà Lan có quân số đông nhưng không đủ huấn luyện và trang bị cũng như khả năng lãnh đạo để đối đầu với quân đội Nhật Bản. Đông Ấn Hà Lan cũng không còn nhận được sự hỗ trợ của chính quốc từ tháng 5 năm 1940 và không sẵn sàng cho việc kháng cự lâu dài, một khi không quân và hải quân Đồng minh thất bại trong việc ngăn quân Nhật đổ bộ lên Java.[13]

Trước khi Chiến tranh Thái Bình Dương bùng nổ, lực lượng bảo vệ Indonesia hoàn toàn do người Hà Lan đảm nhiệm. Tuy nhiên, sau khi Nhật Bản đánh chiếm Mã Lai và Philippines, nhiều đơn vị quân đội Anh, Mỹ bị Nhật Bản đánh đuổi đã kéo về Đông Ấn Hà Lan cùng với quân Úc đến tăng viện.[8] Ngày 3 tháng 1 năm 1942, ABDACOM (hay ABDA), bộ chỉ huy lực lượng liên hợp của bốn nước Hoa Kỳ - Anh - Hà Lan - Úc đã được thành lập đặt dưới quyền của Thống chế Anh Archibald Wavell[14] cho nhiệm vụ phòng thủ từ Miến Điện và Mã Lai qua Singapore đến Borneo và Đông Ấn Hà Lan.[15] Trung tướng Không quân Hoa Kỳ George Brett làm Phó tư lệnh và tham mưu trưởng là Trung tướng người Anh Henry Royds Pownall. Tư lệnh lục quân là Trung tướng người Hà Lan Hein ter Poorten và phó tư lệnh là thiếu tướng người Anh Ian Stanley Ord Playfair[16]; Tư lệnh hải quân là Đô đốc người Mỹ Thomas C. Hart và tư lệnh không quân người Anh Richard Peirse.[17] Bộ tổng hành dinh của ABDA được đặt tại Java.[18]

Ngày 22 tháng 2 năm 1942, Tổng tư lệnh Wavell báo cáo cho Thủ tướng Anh Churchill: “Tôi e rằng tuyến phòng ngự của chúng ta ở Java không còn vững được bao lâu nữa. Như thế, những nguồn nhân lực, tài lực đưa vào đây thêm nữa chỉ phí đi mà thôi. Vì nó không đủ sức kéo dài thêm cuộc chiến ở đây”.[19] Ba ngày sau đó, ông đến Ấn Độ, giao lại quyền chỉ huy ABDA cho các chỉ huy trưởng địa phương.[20]

Phe Đồng Minh cũng bất đồng về sách lược phòng thủ. Đô đốc Hart cho rằng nên phòng thủ bờ biển, đợi quân Nhật đổ bộ rồi đánh. Trong lúc đó Đô đốc Conrad Emil Lambert Helfrich người Hà Lan thì cho rằng nên tiêu diệt quân Nhật, mục tiêu là các tàu chở quân trên đường di chuyển, để người Nhật phải hoãn cuộc hành quân lại, chấp nhận hải chiến với một lực lượng trội hơn hẳn so với phe Đồng minh.[19]